Dorpje in de Markerpolder, bij de Starnmeer, aan de Markervaart, daarvan slechts door de provinciale weg gescheiden. Markenbinnen ligt ten noorden van Wormerveer, behoort bestuurlijk tot Alkmaar, maar van oudsher zijn de bewoners meer op de noordelijke Zaanstreek georiënteerd. Tot en met 31 december 2014 was Markenbinnen nog onderdeel van de gemeente Graft-De Rijp, die op 1 januari 2015 is opgegaan in de gemeente Alkmaar. Weer daarvoor viel Markenbinnen bestuurlijk onder Uitgeest.

Het dorp is agrarisch gericht, maar vooral na de Tweede Wereldoorlog is het door zijn landelijke karakter een gewilde plek om te wonen. Dit had overigens geen sterke uitbreiding tot gevolg. De gemeenschap bleef klein en telde in 1990 ongeveer 350 inwoners. Hierdoor is er onvoldoende draagvlak voor middenstandsbedrijven en ontbreekt een aantal voorzieningen.

Markenbinnen was in het verleden belangrijk voor de Zeildoekweverij, die er in huisnijverheid werd bedreven. In 1675 woonden er 15 rolreders, 70 jaar later waren hiervan nog vijf over en daarna verplaatste de rolrederij zich geheel naar Krommenie.

Even noordelijk van het dorpje bevindt zich het voormalige fort Marken-Binnen, dat deel uitmaakte van de stelling Amsterdam.